在这个故事中，人类因为贪婪而按下了毁灭文明的按钮，导致世界退回到暴力血腥的原始阶段。在这个混乱的时代，拉奥领导的拳王军所向披靡。拉奥曾是大师兄，与健四郎一同学习北斗神拳。这个有着1800年历史的暗杀拳法，始终奉行着唯一继承人的准则。然而，尽管拉奥实力雄厚，却缺乏健四郎的悲悯之心。当后者成为北斗神拳的继承人化身为救世主时，拉奥转而走上更为黑暗的道路。 当拳王军的铁蹄已经统治这个国家之时，南斗自由军揭竿而起，并邀请健四郎一同对抗他的宿敌——拳王拉奥。本片根据原哲夫、武论尊的经典漫画原著《北斗神拳（北斗の拳）》改编，是《真救世主传说 北斗神拳》的第三部。