故事发生在东京八丈岛近海，一座高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。全球各地的警方监控相连接，工程师们聚集在这里进行测试。基于人脸识别的全新“黑科技”正在测试中…… 与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸。途中，柯南接到冲矢昴的电话，得知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南潜入“太平洋浮标”。 正当工程师们为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！ 此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然。一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……