在米花市，一场关于最新游戏“茧”的发布会正在举行。这款游戏可能改变全球游戏业界的价值观，吸引了包括日本上流社会的政治、财经、演艺界人士在内的50名游戏体验者。新一的父亲、推理小说大师工藤优作也来到了现场。然而，游戏的研发者兼负责人坚村却死在了地下室。
柯南通过分析键盘上的J、T、R字母，联想到游戏中可能存在线索。他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰和灰原哀等人也拿到了入场券。体验者们刚进入一个酷似蚕茧的大型胶囊，游戏被自称“诺亚方舟”的人工智能控制。
“诺亚方舟”声称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可以选择其中之一进入。被淘汰的体验者会进入休眠状态，如果最后无人走到终点，他们的大脑组织将被摧毁。此举是为了令日本社会重生。
柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，柯南需要找到他身上的答案。而优作也在现实中正对案件展开调查。
