在秘密行动组第三季的序幕中，Jonas在逃亡至巴拿马时遭遇了政府的刺客。Col. Ryan，华盛顿的一名军官，开始调查是谁企图破坏秘密行动组的团结。他试图揭开幕后黑手，以获得揭露真相的关键线索。 当Col. Ryan返回基地时，Tiffy去监狱探望了悲惨的Mack，希望能够帮助她重燃婚姻的希望。Kim则在安置好孩子之后回到了德克萨斯的家中。 随着秘密组织的瓦解，Jonas和他的团队必须继续他们的逃亡之旅，同时试图找出导致组织瓦解的真正主谋。他们还必须搜寻被囚禁并遭受折磨的Mack。 回到基地后，Kim受到CIA的密切监视。Jonas委派她一个至关重要的任务，这可能会影响整个行动组的命运。