在20世纪初，日本经历了明治维新后文明开化已逾五十年。随着西洋文化与日本传统文化的交融，帝都东京逐渐蜕变为现代化都市，建筑鳞次栉比，蒸汽铁道、地下铁道纵横交错，马车、人力车、蒸汽车川流不息。然而，这座繁华都市也充斥着非现实存在的魔幻元素——降魔怪物和咒术。 为了对抗地底涌出的巨兽“降魔”，陆军成立了特殊部队——“对降魔”部队，由四位灵能者组成：米田一基持有神刀“灭却”，山崎真之介持有光刀“无形”，藤枝菖蒲持有神剑“白羽鸟”，真宫寺一马则拥有灵剑“荒鹰”。四人凭借自身力量与手中神器勇敢战斗，被称为“降魔战争”。 最终，陷入绝境的“对降魔”部队被迫使用“魔神器”——日本上古时代流传下来的三种祭器——剑、珠、玉，以增幅魔力。继承真宫寺家“破邪之血”的一马，以生命为代价封印了降魔，而山崎真之介也在战中失踪。 1911年，天海妖僧领导的邪恶组织“黑之巢会”蠢蠢欲动。他们利用古代咒法生出魔物，企图复辟德川幕府统治，并展开破坏活动。在花小路伯爵支持下，新的政府直属对降魔组织——帝国华击团（简称“帝击”）·花组成立。 米田一基、藤枝菖蒲领导下，花组集结了六名具备高灵力的少女：真宫寺樱的女儿，继承了灵剑“荒鹰”；神崎堇总帅忠义的孙女，精通神崎风尘流长刀术；玛丽亚·橘，俄国革命勇士，曾有“食火鸟”之称；爱丽丝，法国贵族千金，自幼超常灵力；李红兰，辛亥革命战乱中失去亲人的中国少女；桐岛神奈，桐岛流空手的正统传人，身高近2米。 同时，基于山崎真之介的设计，神崎重工完成了对降魔用灵子甲胄“光武”。花组平日以歌剧团面目出现，掩人耳目，但在魔物出现时就会变身守护帝都的战士，驾驶光武与敌人作战。 太正十二年春，花组迎来了一位新队长——海军少尉大神一郎，《樱花大战》的故事就此开始……