在一萬一千五百年前的史前时代，瓦斑大陆沉没，瓦斑人为了生存，在地底建立了他们的都市，并开始在地底生活。然而，好景不长，二十世紀末，古代怪兽复苏和宇宙人入侵地球，瓦斑人的长老派遣主角米沙基到地面世界，并将变身用的火焰棒交给他。 米沙基化身为古生物及地质学研究生岬大介，加入组织SAF，以火焰超人的真身，为保护地面世界而战。