在西历2071年，一场前所未有的战争爆发了。机械细胞群突然启动了大规模的人类讨伐作战计划，导致世界陷入混乱。经过长期的抗战，人类处于劣势，不得不动用最终破坏兵器。为了歼灭敌人，甚至不惜牺牲自己国家庞大国土的代价，导致主要大陆被分成数块，南极大陆也消失了，地球上的50%以上的陆地被海水所淹没。 大战持续了十年后，冬后大佐，一位原本在战争中受伤而退伍不再当飞行员的精英军人，突然接到了特殊命令。他负责教育驾驶日本海军机密研发的、汇集了所有最新设计理念的新武器的飞行员们。令人惊讶的是，这三名飞行员候补生都是十几岁的女孩子。精英军人家庭中成长的一条瑛花也就算了，看着与战争看起来扯不上边的IQ200的天才少女园宫可怜、以及看起来唯一的优点就是有精神的少女樱野音羽这两个人，冬后哑口无言……在严酷的训练中，三人之间的羁绊也越来越深了。 被称为“SKY GIRLS”的少女们，背负着人类的未来和希望。现在正翱翔在这广阔的天空中！