在地球上，人类的安全受到来自冥王星巨大陨石Tanatos的威胁。为了对抗这个威胁，人类决定以国际太阳系开发机构“ISDA”为起点，秘密进行一项名为“D计划”的开发计划。这项计划的内容是利用在小笠原近海发现的神秘生物“龙”来开发一种生态兵器，然后利用这种兵器直接破坏Tanatos。
在这个计划正在推进的过程中，一个2年前因事故失去家人的孤独少年与一位神秘的少女意外相遇了。这位少女似乎拥有着高智能和超级攻击力，她就是那个被送往“ISDA”秘密培育的神秘生物“龙”。
这个神秘的少女名叫莉娅，她的身份是一个谜。然而，她却对孤独少年产生了深厚的感情。两人的命运仿佛被某种力量牵引，他们开始共同面对这个充满危险和未知的世界。
在“D计划”的推进过程中，孤独少年和莉娅逐渐了解到了这个星球上的种种危机。他们必须依靠彼此的力量，才能找到战胜Tanatos的方法。在这个过程中，他们经历了无数的挑战和困难，但他们始终坚信，只要有爱和勇气，就一定能够战胜一切。
最终，在经过一系列艰难险阻后，孤独少年和莉娅成功地开发出了一种强大的生态兵器，成功破坏了Tanatos。而他们也在这个过程中收获了成长和友谊，成为了彼此生命中不可或缺的存在。
