在2031年，因维人（Invid）抵达地球，声称对史前能量拥有所有权。他们以强大的武装力量向地球守备军发起了攻击，并在消灭一切抵抗力量后占领了地球。 瑞克·卡特命令远征军舰队回航，但先遣队却遭到因维军队的猛烈攻击，几乎全军覆没。占领地球的因维人已达到进化的顶点，可以随意改变自己的形象和身体组成，甚至可以在物质态和能量态间自由转化。然而，他们对史前能量的依赖性使其弱点暴露，而地球作为“宇宙中已知最后一块史前能量聚集地”也成为了他们的目标。 人类虽然进入了星际殖民时代，但无论在外星殖民地还是遥远空间中，都将地球视为故乡。双方在太阳系第三行星上爆发激烈冲突。远征军先遣队的幸存者斯科特·博纳德与其他5名地球上的自由抵抗者组成游击队，与因维军队进行周旋。 游击小队先后遇到了两位以人类形式出现的因维族女性。斯科特与爱丽尔、兰瑟与希拉的爱情使因维女王瑞吉斯深感人类情感与文明对她族人的威胁，而日益枯竭的史前能量以及陆续回航的远征军都使她感到地球不再是适宜种族进化的久留之地。 第三次宇宙大战以人类胜利告终，因维人在瑞吉斯的带领下向茫茫宇宙深处飞去，少数人则留下来积极融入人类社会。人类与外星人的成功结合再次证明了“爱能战胜一切”的主题。千千万万的幸存者从废墟中站起来，重新建造新的家园。太空堡垒时代的历史至此告一段落。也许在未来的日子里，人类还将面临更大的挑战，但只要还有美丽的歌声和爱，这个宇宙就永远不会寂寞。 在移民船团回航途中，暗影堡垒III号失踪，没人知道它去了哪里……