《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事。在星学院的学习中，她们成长为优秀的魔法师，并即将面临毕业考核。然而，这时她们意外被卷入了一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重，潘朵拉魔卡风靡一时，王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。