柯南、灰原和少年侦探队的成员步美、光彦、元太在博士的露营结束后，他们决定参观位于富士山前的新日本第一双塔摩天大楼。毛利小五郎也应邀参加了开幕典礼，他的学妹常盘美绪邀请他参加。在参观期间，灰原的行为异常。 大木提前入住B塔并被害，目暮警官调查发现他与美绪之间有不同寻常的关系。不久，程序员原也被杀害在家中，现场留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片。两起案件似乎是由同一个人所为。柯南从小酒杯联想到灰原曾效力的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时，他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。 开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的是如何从火海逃脱。