公元2029年，未来世界是高科技与信息化的世界。随着生活水平的提高，犯罪活动也呈现出高科技化的趋势。为应对这一挑战，专门负责镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课应运而生。队长草薙素子，作为一位全身“义体化”的女警，带领公安9课不断展开行动。
在一次行动中，公安9课成功帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事。然而，当行动陷入僵局之际，传说中的黑客“傀儡师”突然出现，其行为引起了公安9课的注意。素子与她的战友们不知不觉地被卷入了一场涉及政府的阴谋之中。
本作根据1995年动画电影《GHOST IN THE SHELL》改编，剧情不变、画面完全重制的作品。
