风起云涌的明朝末期，宦官魏忠贤掌权，忠臣左光斗因弹劾他而遭杀害。其女左清菡带着证据“忠蠹名册”被锦衣卫百户方涂山救出，二人在逃避东厂追杀时，幸得路过的明教五行旗总掌旗使大邱出手相助。受伤落魄的他们被带入与世隔绝的桃源村。 朝廷方面，东厂左右千户仇士海、狄耕为了争夺东厂督主之位明争暗斗；而桃源村地处偏僻，村民均为明教教徒，虽被朝廷解散却始终奉行除恶扬善教义。对突然闯入的二人抱有很大的敌意，大家开始担心陌生人的到来可能给村子带来祸患而想方设法排挤左方二人，逼她们自己离开。