华佗（林文龙）自幼聪慧过人，热爱医学。因缘际遇下，他拜名医张仲景为师。一次，关羽（尹扬明）带同乡求医，华佗发现此人的病症有异，不是普通伤寒。于是，他将《伤寒论》与《滋阴论》相结合，成功研究出治疗瘟疫之法。可惜百姓迷信鬼神之说，加上小人得志，对华佗诸多加害，令他惹上杀身之祸。 当时，华佗的长女张妙心（伍咏薇）与他两情相悦，决心下嫁并随夫逃亡。华佗移居许昌后，有医无类，不论病得多重的人也全力拯救。结果往往失败，被评为“医死人大夫”，生活每况愈下。后来，华佗替曹操（黄日华）的幼儿医好多年的顽疾，得到曹操的赏识，被封为太医院监，着手撰写医学大全。 好景不长，曹操的奸雄本色逐渐显露。他命令华佗制毒药杀害关之士兵，华佗不耻曹操所为，投靠了关羽。曹操头风病发作，老羞成怒，以斩杀太医院内三百余人作胁，迫使华佗返回许昌为其治病。华佗深知此行凶多吉少，莫非这就是命运的安排？